Finalizada la 17ma fecha del Torneo Apertura 2016, quedaron definidos los 9 equipos que integrarán la Zona Campeonato y los nueve restantes que irán a la Zona Repechaje.
Zona Campeonato.
| Pucará (campeón) | 17 | 11 | 5 | 1 | 34 | 16 | 18 | 38 |
| Don Salvador | 17 | 10 | 5 | 2 | 35 | 17 | 18 | 35 |
| Las Flores | 17 | 8 | 7 | 2 | 33 | 19 | 14 | 31 |
| Agua y Energía | 17 | 9 | 4 | 4 | 32 | 22 | 10 | 31 |
| Independiente | 17 | 9 | 3 | 5 | 29 | 19 | 10 | 30 |
| Ciclón Norte | 17 | 7 | 8 | 2 | 36 | 24 | 12 | 29 |
| El Cadi | 17 | 7 | 6 | 4 | 36 | 20 | 16 | 27 |
| Defensores Alto Verde | 17 | 7 | 6 | 4 | 39 | 37 | 2 | 27 |
| Nacional | 17 | 7 | 4 | 6 | 36 | 33 | 3 | 25 |
Zona Repechaje
| Nuevo Horizonte | 17 | 6 | 4 | 7 | 25 | 28 | -3 | 22 |
| Sportivo Guadalupe | 17 | 4 | 6 | 7 | 23 | 31 | -8 | 18 |
| Floresta | 17 | 4 | 6 | 7 | 29 | 37 | -8 | 18 |
| Los Canarios | 17 | 4 | 5 | 8 | 26 | 33 | -7 | 17 |
| Nobleza | 17 | 4 | 4 | 10 | 35 | 35 | 0 | 16 |
| Juventud Unida | 17 | 5 | 0 | 12 | 20 | 57 | -37 | 15 |
| Deportivo Santa Rosa | 17 | 2 | 7 | 8 | 34 | 42 | -8 | 13 |
| Los Juveniles | 17 | 3 | 4 | 10 | 24 | 32 | -8 | 13 |
| Peñaloza | 17 | 2 | 5 | 10 | 16 | 45 | -29 | 11 |
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